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来自 1B 期 NABUCCO 研究的局部晚期尿路上皮癌术前 ipilimumab 联合纳武利尤单抗后的生物标志物分析和治疗动态
评论：目的： 在 NABUCCO 中，评估术前 ipilimumab 联合纳武利尤单抗在 III 期尿路上皮癌中的安全性和有效性。取得了令人鼓舞的反应，伊匹木单抗 3 mg/kg（伊匹木单抗-高）似乎比伊匹木单抗 1 mg/kg（伊匹木单抗-低）更有效。我们探讨了 ipilimumab 加纳武利尤单抗反应生物标志物和肿瘤微环境 （TME） 治疗动力学。实验设计： 使用 PD-L1 免疫组织化学 （n=51） 、全外显子组和转录组测序 （均 n=53） 分析基线 FFPE 肿瘤组织，并与反应相关。检查 CD8+ T 细胞的基线浸润 （n=51） 和膀胱切除术时 （n=42）。对 2 名对 ipilimumab-high 反应者的治疗中切除组织进行 CD3 + T 细胞的 ScRNAseq，以探索 TME 内 CD8 + T 细胞的特征。结果： 高肿瘤突变负荷 （TMB） 和 PD-L1 阳性与对 ipilimumab |
原文链接：xmolJournal
分类：#xmolJournal #Week242025
评论：目的： 在 NABUCCO 中，评估术前 ipilimumab 联合纳武利尤单抗在 III 期尿路上皮癌中的安全性和有效性。取得了令人鼓舞的反应，伊匹木单抗 3 mg/kg（伊匹木单抗-高）似乎比伊匹木单抗 1 mg/kg（伊匹木单抗-低）更有效。我们探讨了 ipilimumab 加纳武利尤单抗反应生物标志物和肿瘤微环境 （TME） 治疗动力学。实验设计： 使用 PD-L1 免疫组织化学 （n=51） 、全外显子组和转录组测序 （均 n=53） 分析基线 FFPE 肿瘤组织，并与反应相关。检查 CD8+ T 细胞的基线浸润 （n=51） 和膀胱切除术时 （n=42）。对 2 名对 ipilimumab-high 反应者的治疗中切除组织进行 CD3 + T 细胞的 ScRNAseq，以探索 TME 内 CD8 + T 细胞的特征。结果： 高肿瘤突变负荷 （TMB） 和 PD-L1 阳性与对 ipilimumab |
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联邦深度学习支持通过蛋白质组学进行癌症亚型
评论：人工智能在生物医学中的应用面临着来自数据隐私要求的重大挑战。为了解决临床注释的组织蛋白质组学数据的这个问题，我们开发了一种联合深度学习 （FDL） 方法 （ProCanFDL），在模拟站点上训练本地模型，其中包含来自泛癌队列 （n=1,260） 和 29 个队列的数据，这些队列保存在私有防火墙后面 （n=6,265），代表 19,930 次重复数据非依赖性采集质谱 （DIA-MS） 运行。聚合局部参数更新以构建全局模型，与本地模型相比，在 14 个癌症亚型任务中，保持测试集 （n=625） 的性能提高了 43%，并与集中式模型性能相匹配。通过使用来自两个外部 DIA-MS 队列 （n=55） 和八个通过串联质量标签 （TMT） 蛋白质组学 （n=832） 获得的数据重新训练全局模型，证明了该方法的通用性。ProCanFDL 为使用蛋白质组学数据的国际协作机器学习计划提供了一种解决方案，例如 |
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评论：人工智能在生物医学中的应用面临着来自数据隐私要求的重大挑战。为了解决临床注释的组织蛋白质组学数据的这个问题，我们开发了一种联合深度学习 （FDL） 方法 （ProCanFDL），在模拟站点上训练本地模型，其中包含来自泛癌队列 （n=1,260） 和 29 个队列的数据，这些队列保存在私有防火墙后面 （n=6,265），代表 19,930 次重复数据非依赖性采集质谱 （DIA-MS） 运行。聚合局部参数更新以构建全局模型，与本地模型相比，在 14 个癌症亚型任务中，保持测试集 （n=625） 的性能提高了 43%，并与集中式模型性能相匹配。通过使用来自两个外部 DIA-MS 队列 （n=55） 和八个通过串联质量标签 （TMT） 蛋白质组学 （n=832） 获得的数据重新训练全局模型，证明了该方法的通用性。ProCanFDL 为使用蛋白质组学数据的国际协作机器学习计划提供了一种解决方案，例如 |
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CREPT 是通过基于协同染色质环的基因调控进行三阴性乳腺癌转移所必需的
评论：三阴性乳腺癌 （TNBC） 因其侵袭性而得到认可，但转移的机制仍不清楚。在这里，我们报道了表现出体细胞基因拷贝数扩增和表达升高的 CREPT/RPRD1B 与患者生存率低相关并驱动 TNBC 转移。我们证明 CREPT 通过占据启动子和增强子改变拓扑关联域 （TAD） 状态和染色质环中的三维基因组结构。具体来说，CREPT 介导由增强子-启动子和启动子-终止环配置的 1082 个共作染色质环，这些环通过 HiChIP 分析得到验证，并通过 Tn5-FISH 实验可视化。这些环协调 RNAPII 加载和再循环以增强转移基因表达。使用 CRISPR-dCas9 破坏这些协同作环可抑制体内 TNBC 转移。此外，在预防和治疗小鼠模型中，使用基于 AAV 的 shRNA 去除 CREPT 可阻断 TNBC 转移。我们提出靶向 CREPT 以破坏协同运作的染色质环结构代表了转移性 TNBC 的一种有前途的治疗策略。• |
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评论：三阴性乳腺癌 （TNBC） 因其侵袭性而得到认可，但转移的机制仍不清楚。在这里，我们报道了表现出体细胞基因拷贝数扩增和表达升高的 CREPT/RPRD1B 与患者生存率低相关并驱动 TNBC 转移。我们证明 CREPT 通过占据启动子和增强子改变拓扑关联域 （TAD） 状态和染色质环中的三维基因组结构。具体来说，CREPT 介导由增强子-启动子和启动子-终止环配置的 1082 个共作染色质环，这些环通过 HiChIP 分析得到验证，并通过 Tn5-FISH 实验可视化。这些环协调 RNAPII 加载和再循环以增强转移基因表达。使用 CRISPR-dCas9 破坏这些协同作环可抑制体内 TNBC 转移。此外，在预防和治疗小鼠模型中，使用基于 AAV 的 shRNA 去除 CREPT 可阻断 TNBC 转移。我们提出靶向 CREPT 以破坏协同运作的染色质环结构代表了转移性 TNBC 的一种有前途的治疗策略。• |
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Wnt/β-catenin 介导的癌症信号通路：癌症治疗的最新进展和应用
评论：Wnt/β-catenin 信号通路是一种高度保守的信号通路，通过各种生物过程与癌症发展密切相关，包括致癌转化、基因组不稳定性、癌细胞增殖、干性、代谢、细胞死亡、免疫调节和转移。值得注意的是，它的激活在化疗、靶向治疗和免疫治疗的耐药性中起着至关重要的作用。药物开发的最新进展已经确定了几种作用于该途径关键节点的靶向抑制剂，其中一些在与免疫治疗剂联合使用时表现出协同作用。本综述全面分析了目前对恶性肿瘤中 Wnt/β-catenin 通路的理解，强调了其在肿瘤发生、治疗耐药和免疫调节中的多方面作用。此外，我们总结了靶向 Wnt/β-catenin 通路的联合疗法与化疗、靶向治疗和免疫治疗的临床表现。尽管临床开发仍处于相对早期的阶段，但 Wnt/β-catenin 信号转导的药理学调节作为精准肿瘤学的新型治疗范式具有相当大的潜力。 |
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评论：Wnt/β-catenin 信号通路是一种高度保守的信号通路，通过各种生物过程与癌症发展密切相关，包括致癌转化、基因组不稳定性、癌细胞增殖、干性、代谢、细胞死亡、免疫调节和转移。值得注意的是，它的激活在化疗、靶向治疗和免疫治疗的耐药性中起着至关重要的作用。药物开发的最新进展已经确定了几种作用于该途径关键节点的靶向抑制剂，其中一些在与免疫治疗剂联合使用时表现出协同作用。本综述全面分析了目前对恶性肿瘤中 Wnt/β-catenin 通路的理解，强调了其在肿瘤发生、治疗耐药和免疫调节中的多方面作用。此外，我们总结了靶向 Wnt/β-catenin 通路的联合疗法与化疗、靶向治疗和免疫治疗的临床表现。尽管临床开发仍处于相对早期的阶段，但 Wnt/β-catenin 信号转导的药理学调节作为精准肿瘤学的新型治疗范式具有相当大的潜力。 |
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基于共刺激结构域的 CART 细胞衰老的差异易感性和作用
评论：尽管嵌合抗原受体 T （CART） 细胞疗法在血液系统恶性肿瘤中取得了成功，但持久缓解率仍然很低。在这里，我们报道了 CART 衰老是 41BB 共刺激的 CART 细胞疗法中的潜在耐药机制。为了模拟癌症复发，我们利用了一种体外模型，该模型具有重复的 CART 细胞活化周期，然后是休息期。使用靶向 CD19 的 CART 细胞通过 4-1BB-CD3ζ （BBζ） 或 CD28-CD3ζ （28ζ） 进行共刺激，我们发现 CART 细胞经历衰老的功能、表型和转录组变化，这在 BBζ 中更为突出。然后，我们利用了两种额外的独立策略，通过 MYC 激活和照射诱导衰老。在临床前研究中，衰老的诱导损害了 BBζ 活性，但提高了 28ζ 活性。这些发现得到了独立患者数据集分析的支持;CART 细胞产品中的衰老特征与对 BBζ 无反应相关，但在 28ζ 治疗中与临床结果改善相关。总之，我们的研究发现衰老是主要在 |
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评论：尽管嵌合抗原受体 T （CART） 细胞疗法在血液系统恶性肿瘤中取得了成功，但持久缓解率仍然很低。在这里，我们报道了 CART 衰老是 41BB 共刺激的 CART 细胞疗法中的潜在耐药机制。为了模拟癌症复发，我们利用了一种体外模型，该模型具有重复的 CART 细胞活化周期，然后是休息期。使用靶向 CD19 的 CART 细胞通过 4-1BB-CD3ζ （BBζ） 或 CD28-CD3ζ （28ζ） 进行共刺激，我们发现 CART 细胞经历衰老的功能、表型和转录组变化，这在 BBζ 中更为突出。然后，我们利用了两种额外的独立策略，通过 MYC 激活和照射诱导衰老。在临床前研究中，衰老的诱导损害了 BBζ 活性，但提高了 28ζ 活性。这些发现得到了独立患者数据集分析的支持;CART 细胞产品中的衰老特征与对 BBζ 无反应相关，但在 28ζ 治疗中与临床结果改善相关。总之，我们的研究发现衰老是主要在 |
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肝细胞癌的肿瘤微环境：中医的机制见解和治疗潜力
评论：肝细胞癌 （HCC） 的进展和治疗耐药性受到肿瘤微环境 （TME） 内动态相互作用的深刻影响。HCC TME 由细胞成分组成的复杂网络组成，包括癌症相关成纤维细胞、肿瘤相关巨噬细胞和浸润免疫细胞，以及细胞外基质蛋白、细胞因子和血管生成介质等非细胞因子。这些元素共同促进免疫逃避、基质重塑和新生血管形成，从而驱动肿瘤侵袭性和治疗耐药性。新出现的证据表明，中医 （TCM） 可能提供了一种有前途的策略，通过多模式机制重新编程免疫抑制性 HCC TME，例如免疫调节以增强抗肿瘤免疫和消耗调节细胞群，基质正常化以减弱成纤维细胞活化和病理基质沉积，以及抗血管生成作用以限制肿瘤血管形成。值得注意的是，中药化合物在与常规疗法（包括免疫检查点抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂和细胞毒性方案）联合使用时表现出协同潜力，有可能在减轻不良反应的同时提高疗效。然而，关键挑战仍然存在，例如肿瘤内异质性、草药制剂的药代动力学变异性 |
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让ChatGPT帮你下载期刊文章或补充材料
评论：有时候太新的期刊文章无法下载正文或者补充材料，不然让ChatGPT试试吧，可能会有惊喜！ |
原文链接：科研普拉斯
分类：#科研普拉斯 #Week242025
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科研人如何用ChatGPT-4o画出好图（附18个真实场景案例）
评论：在ChatGPT的加持下，科研绘图的阻力正在逐渐变小，虽然在之前的帖子里也写了，今天尽量完善一下不同的场景。 |
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科研利器：DeepResearch
评论：让导师的省心省力，带学生披荆斩棘。一起来认识下新朋友---DeepResearch，深度研究。 |
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评论：让导师的省心省力，带学生披荆斩棘。一起来认识下新朋友---DeepResearch，深度研究。 |
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科研利器：DeepResearch
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