《Translational Research》医学全科神刊！初审仅需9天！号称毕业友刊之王！几乎不退稿，国人发文量达50%！

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分类：#小张聊科研 #Week142025

最新6.5分纯生信，聚焦在耗竭T细胞的m6A分析，投稿到接收仅2个月。专注某细胞的某表型/通路的分析更容易发高分！

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分类：#东晓生物 #Week142025

在R语言中的 ATACseq 数据分析全流程实战（五）：peaks质控 & peaks 注释

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分类：#生信技能树 #Week142025

巨噬细胞异质性及肿瘤微环境（中）

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分类：#单细胞天地 #Week142025

内容复习---高精度空间数据分析（CODEX、CosMx、IMC）

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分类：#单细胞空间交响乐 #Week142025

倡导变革 — 整合整个药物发现和开发连续体的工作

评论：近几十年来，我们见证了肿瘤学的巨大进步，个性化医疗的突破、癌症生物学的基本发现、生物技术的进步以及数据科学日益增长的力量使各种模式和适应症的药物批准有所增加。然而，癌症仍然是全球死亡的主要原因，这凸显了对临床护理采取变革性方法的必要性。我们建议改变产学合作，重新调整文化和财务优先事项，在整个研究连续体中利用药物研发的进步和学术创新。 |

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分类：#xmolJournal #Week142025

利用真实世界数据推进生物标志物发现和精准肿瘤学

评论：精准肿瘤学的前提是在护理点大规模部署强大的生物标志物的可用性。尽管概念简单，但由于当前诊断平台的局限性、耐药性的出现以及对癌症发病机制和宿主免疫反应的不完全了解，精准肿瘤学在实践中往往失败。在这里，我们讨论了使用真实世界数据，包括特殊反应者分析，来确定治疗反应的生物标志物以及克服更广泛采用精准肿瘤学范式的障碍的策略。 |

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分类：#xmolJournal #Week142025

急性早幼粒细胞白血病之后的全反式维甲酸

评论：全反式维甲酸 （ATRA） 是一种已知的造血调节因子，是治疗急性早幼粒细胞白血病 （APL） 的既定治疗方案的关键组成部分。在本期 Cancer Cell 中，Mosialou 等人提出了一种基于生态位的 ATRA 靶向成骨细胞的机制，将 ATRA 治疗重新用于 APL 之外。 |

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溶瘤病毒的离散魅力：迈向终点线

评论：溶瘤病毒 （OV） 正在被优化以治疗癌症，包括脑、卵巢、肺和胰腺肿瘤。最近的进展包括复制腺病毒和单纯疱疹病毒 1 （HSV-1） 与治疗性转基因相结合，结合连续注射和通过重定向进行全身递送，如腺相关病毒 9 （AAV9） 所实现的。临床试验显示出有希望的疗效。在这里，我们总结了与基于 OV 的癌症疗法相关的进展和挑战，并讨论了它们的作用机制和提高 OV 治疗疗效的策略。 |

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单细胞空间多组学揭示癌症相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域

评论：癌症相关成纤维细胞 （CAF） 是一种多方面的细胞群，对于塑造肿瘤微环境 （TME） 和影响治疗反应至关重要。表征复杂组织环境中 CAFs 的空间组织和相互作用为肿瘤生物学和免疫生物学提供了重要的见解。在这项研究中，通过对 7 个空间转录组学和蛋白质组学平台上来自 10 种癌症类型的 1400 多万个细胞进行综合分析，我们发现、验证和表征了四种不同的空间 CAF 亚型。这些亚型在癌症类型中是保守的，并且独立于空间组学平台。值得注意的是，它们表现出不同的空间组织模式、相邻细胞组成、相互作用网络和转录组学特征。它们的丰度和组成因组织而异，塑造了 TME 特征，例如肿瘤浸润免疫细胞的水平、分布和状态组成、肿瘤免疫表型和患者生存率。这项研究丰富了我们对癌症中 CAF 空间异质性的理解，并为靶向和调节 CAFs 的新方法铺平了道路。 |

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癌症中的翻译失调作为靶向抗原的来源

评论：主要组织相容性复合体 （MHC） 分子呈递的异常肽是肿瘤根除的靶标，因为这些肽可被 T 细胞识别为外来肽。恶性细胞中的蛋白质合成失调，这可能导致异常肽的产生和呈递，这些肽可用于基于 T 细胞的疗法。为了研究翻译失调在免疫肿瘤控制中的作用，我们通过删除肿瘤细胞中的 tRNA wybutosine （yW） 合成蛋白 2 （TYW2） 来破坏翻译保真度，并使用免疫肽组学、基因组学和功能测定表征对翻译保真度和免疫原性的下游影响。这些分析表明，TYW2 敲除 （KO） 细胞产生免疫原性框外肽。此外，Tyw2 缺失会增加肿瘤免疫原性，并导致体内抗程序性细胞死亡 1 （PD-1） 检查点阻断敏感性 。重要的是，TYW2 表达降低与患者对检查点阻断的反应增加有关。我们共同证明，翻译保真度缺陷会驱动肿瘤免疫原性，并可能用于癌症免疫治疗。 |

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揭示农村医疗保健差异的隐藏驱动因素

评论：与生活在城市地区的患者相比，生活在农村社区的慢性病（包括癌症）患者的生存率较低。在本期中，Unger 等人对挑战农村患者的因素进行了很好的概述，同时强调了临床试验的可用性如何改善农村结果。1 他们讨论了延迟诊断、保险不足、提供者短缺、合并症和贫困的发生率较高以及其他因素。所有这些都是公认的因素，导致农村社区癌症患者预后不佳。然而，农村地区的患者和提供者都面临着鲜为人知的挑战，即使可以克服更众所周知的因素，也可能导致持续和较差的结果。这些因素很重要，不仅因为它们有助于癌症护理决策和结果，还因为它们还加剧了生活在农村地区的患者不愿意参加临床试验的情况。 纽约州、华盛顿州和宾夕法尼亚州等人口稠密的州以及怀俄明州、阿拉斯加和达科他州等人口稀少的大州都存在农村做法。来自后一个地方的患者面临着长期的提供者短缺以及长途驾驶进行常规护理的挑战。这两者都导致患者倾向于忽视可能看起来很轻微但有助于延迟诊断的早期体征和症状。1 |

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美国农村的癌症：改善临床试验的可及性和肿瘤护理的质量

评论：美国农村地区的癌症发病率和死亡率高于城市人群。本综述基于这样一种观点，即公平——消除个体群体之间不必要和可预防的差异——应该是农村地区患者获得癌症护理资源的基础。获得癌症临床试验是识别和理解获得优质肿瘤护理的障碍的框架。作者讨论了农村生活、社会经济地位、文化和健康之间的相互作用;他们强调了农村地区的经济考虑往往会限制获得临床试验和肿瘤护理的机会，因为考虑到即使患者数量较少，也需要高质量的肿瘤护理，规模经济不适用于这些地区。作者提出了增加临床试验机会和提高农村地区肿瘤护理质量的解决方案，将这些目标视为伦理和道德上的当务之急。 |

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在晚期实体瘤中单独或与 cemiplimab 一起编码合成 mRNA 混合物的细胞因子的 1 期、首次人体、剂量递增、扩展试验

评论：目的：我们研究了 SAR441000 （编码白细胞介素 IL-12 的 4 个 mRNA 、单链干扰素 IF-α-2b 、粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子和 IL-15 寿司结构域的混合物）单独或与 cemiplimab 联合治疗晚期实体瘤患者。患者和方法： SAR441000 在单药治疗中以 4 周为周期每周瘤内给药，以 3 周为周期以预定剂量水平 （DL） 给药，联合治疗中每 3 周使用 350 mg cemiplimab（静脉内）。主要目的是确定最大耐受或最大给药剂量 （MAD）、总体安全性、耐受性和 SAR441000 的客观缓解率。结果： 我们招募了 77 例既往接受过抗癌治疗的患者 （升级单药治疗： N=21;升级组合： N=15;和扩展组合 PD-1 难治性黑色素瘤： N=41）。DL8 的 MAD 为 4000 μg。最常见的 ≥3 级治疗相关不良事件是升级期的疲劳 |

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选择性消除浸润性乳腺癌的乳房手术：一项非随机临床试验。

评论：重要性 新辅助全身治疗 （NST） 与高达 60% 的乳腺癌 （BCs） 的病理完全缓解 （pCR） 相关。该试验的结果质疑手术的必要性。目的 报告预先计划的 5 年疗效结局，评估接受图像引导真空辅助活检 （VAB） 的患者单独放疗而不进行乳房手术。设计、设置和参与者 这项单臂、前瞻性、2 期非随机临床试验在 7 个美国医疗中心进行，包括 40 岁或以上患有 cT1-2N0-1M0 ERBB2 阳性（以前称为 HER2 阳性）或三阴性侵袭性 BC 的女性，她们在 NST 后显示残留乳腺病变影像学上小于 2 厘米。注册时间为 2017 年 3 月 6 日至 2021 年 11 月 9 日。数据分析时间为 2024 年 10 月至 12 月。干预 在标准 NST 后进行肿瘤床 （9G，至少 12 个核心） 的图像引导 VAB。诊断时临床淋巴结阴性且 NST VAB 后无残留乳腺癌的患者接受了全 |

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PTEN 内皮细胞的体细胞单亲二倍体导致 PTEN 错构瘤肿瘤综合征患者血管畸形

评论：PTEN 错构瘤肿瘤综合征 （PHTS） 是一种罕见的肿瘤风险障碍，由 PTEN 中的种系功能丧失突变引起。这些患者中有一半发展为血管畸形，这是一种以血管过度生长为特征的错构瘤。在这里，我们利用活检和患者来源的内皮细胞 （EC） 来研究 PHTS 相关血管畸形的遗传病因。我们发现这些病变是由 PTEN 野生型等位基因的体细胞丢失通过杂合性的拷贝中性丢失产生的，导致 ECs 中 PTEN 突变等位基因的体细胞单亲二倍体。我们建立了 PHTS 相关血管畸形的小鼠模型，并确定 mTOR 抑制剂雷帕霉素和 AKT 抑制剂 capivasertib 阻断血管病变生长。作为临床活动的概念验证，两名 PHTS 患者用雷帕霉素进行超适应症治疗减少了血管过度生长并消除了病变相关疼痛。总体而言，我们的结果揭示了 PHTS 患者血管畸形的遗传原因，并为治疗干预开辟了新的途径。 |

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循环 MicroRNA：黑色素瘤预后和治疗的功能性生物标志物

评论：MicroRNA （miRNA） 作为循环癌症生物标志物具有重要前景，与许多其他分子标志物不同，它们可以提供超越肿瘤生物学的宝贵见解。循环 miRNA 的表达可能与肿瘤微环境中的细胞组成和动态活性平行，并揭示全身免疫反应。miRNA 的功能复杂性——单个 miRNA 可以调节多个信使 RNA （mRNA） 以微调基本过程，单个 mRNA 可以被多个 miRNA 靶向——强调了它们的广泛意义和影响。然而，这种复杂性为将 miRNA 研究转化为临床实践带来了重大挑战。在黑色素瘤中，特异性 miRNA 特征显示出显着的诊断、预后和预测价值，谱系特异性和免疫相关 miRNA 经常被确定为有价值的标志物。在这篇综述中，我们探讨了循环 miRNA 作为黑色素瘤潜在生物标志物的作用，并强调了将 miRNA 研究转化为治疗机会所需的现状和进展。 |

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美国-欧盟关税战对抗癌药物的担忧

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加沙唯一的癌症专科医院被毁

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在 COVID-19 时代：从癌症患者的研究中获得的挑战、成功和经验教训

评论：COVID-19 大流行迫切需要监测 SARS-CoV-2 感染和死亡的风险，并评估对新型疫苗的免疫反应。考虑到癌症患者的整体健康状况、免疫状态和与癌症疗法的相互作用，他们最担心的是未知的风险。美国国家癌症研究所与美国国家过敏和传染病研究所合作，建立了 SARS-CoV-2 血清学科学网络 （SeroNet），作为美国最大的协调工作，旨在识别和建立标准化血清学检测，以研究针对 SARS-CoV-2 的免疫反应。SeroNet 赞助的机构于 2020 年和 2021 年在全国范围内建立了队列研究，以前瞻性跟踪 3,000 多名实体和血液系统恶性肿瘤患者。齐心协力为自我报告和临床病理数据定义通用数据元素，以及血清学、细胞和分子检测的标准化方法。然而，形势的紧迫性、科学发展的速度和不断变化的公共卫生形势对这项工作提出了独特的挑战。在这里，我们讨论了这些挑战，包括监管和机构特定的要求、参与者的注册 |

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