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异常的 CircTMEM45A 通过 m5C 介导的 NLRP3 激活促进食管鳞状细胞癌的炎症进展
评论：缺乏诊断和治疗靶点排除了食管癌的有效治疗，其根源在于对癌症发生和发展的机制理解有限。非突变表观遗传重编程，包括改变的 5-甲基胞嘧啶 （m5C） 修饰和环状 RNA （circRNA） 表达，可以驱动肿瘤发生并影响癌症生物学。在此，我们确定了食管鳞状细胞癌 （ESCC） 组织中 circRNA hsacirc0066658 （称为 circTMEM45A） 的上调，这与晚期临床分期和不良生存率相关。在功能上，升高的 circTMEM45A 促进了体外和体内 ESCC 恶性进展。从机制上讲，circTMEM45A 与甲基转移酶 NSUN2 和 m5C 读取器 ALYREF 和 YBX1 相互作用，促进 NLRP3 mRNA 的核输出和稳定性，以激活 NLRP3/caspase 1/IL-1β 炎症通路。此外，circTMEM45A 通过与 U2AF2 结合来稳定 IL1B mRNA，并通过作为蛋白质支架来稳定 |
原文链接：xmolJournal
分类：#xmolJournal #Week152025
评论：缺乏诊断和治疗靶点排除了食管癌的有效治疗，其根源在于对癌症发生和发展的机制理解有限。非突变表观遗传重编程，包括改变的 5-甲基胞嘧啶 （m5C） 修饰和环状 RNA （circRNA） 表达，可以驱动肿瘤发生并影响癌症生物学。在此，我们确定了食管鳞状细胞癌 （ESCC） 组织中 circRNA hsacirc0066658 （称为 circTMEM45A） 的上调，这与晚期临床分期和不良生存率相关。在功能上，升高的 circTMEM45A 促进了体外和体内 ESCC 恶性进展。从机制上讲，circTMEM45A 与甲基转移酶 NSUN2 和 m5C 读取器 ALYREF 和 YBX1 相互作用，促进 NLRP3 mRNA 的核输出和稳定性，以激活 NLRP3/caspase 1/IL-1β 炎症通路。此外，circTMEM45A 通过与 U2AF2 结合来稳定 IL1B mRNA，并通过作为蛋白质支架来稳定 |
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剖析胰腺癌中的 FAP+ 细胞多样性揭示了具有肿瘤抑制特性的癌症相关成纤维细胞的干扰素反应亚型
评论：在胰腺导管腺癌 （PDAC） 的基质中，间充质细胞分化为癌症相关成纤维细胞 （CAF） 亚型，这些亚型以差异介导疾病进展。定义 CAF 亚型的调节机制和多样性可以确定利用 CAFs 的肿瘤抑制活性的潜在治疗策略。为了解决这个问题，我们利用单细胞 RNA 测序来分析人 PDAC 中表达成纤维细胞活化蛋白-α （FAP） 的间充质细胞。PDAC 中的间充质亚群反映了在正常发育的胰腺中发现的间充质细胞异质性。除了详细表征炎性 CAF （iCAF） 和肌成纤维细胞 CAF （myCAF） 亚群外，该分析还发现了以前未描述的干扰素反应 CAF （ifCAF） 亚型。在基于类器官的共培养模型中，肿瘤衍生信号从胰腺星状细胞 （PSC） 诱导特定 CAF 亚型，时程实验揭示了控制亚型形成的调节机制。STING 激动剂在体内和体外促进了 ifCAF 表型。重要的是，ifCAF 表型的诱导抑制了肿瘤细胞的侵袭 |
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评论：在胰腺导管腺癌 （PDAC） 的基质中，间充质细胞分化为癌症相关成纤维细胞 （CAF） 亚型，这些亚型以差异介导疾病进展。定义 CAF 亚型的调节机制和多样性可以确定利用 CAFs 的肿瘤抑制活性的潜在治疗策略。为了解决这个问题，我们利用单细胞 RNA 测序来分析人 PDAC 中表达成纤维细胞活化蛋白-α （FAP） 的间充质细胞。PDAC 中的间充质亚群反映了在正常发育的胰腺中发现的间充质细胞异质性。除了详细表征炎性 CAF （iCAF） 和肌成纤维细胞 CAF （myCAF） 亚群外，该分析还发现了以前未描述的干扰素反应 CAF （ifCAF） 亚型。在基于类器官的共培养模型中，肿瘤衍生信号从胰腺星状细胞 （PSC） 诱导特定 CAF 亚型，时程实验揭示了控制亚型形成的调节机制。STING 激动剂在体内和体外促进了 ifCAF 表型。重要的是，ifCAF 表型的诱导抑制了肿瘤细胞的侵袭 |
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Belzutifan 治疗 von Hippel-Lindau 病相关肾细胞癌和其他肿瘤 （LITESPARK-004）：单臂 2 期研究的 50 个月随访
评论： 背景 根据先前发表的 LITESPARK-004 研究的初步结果，缺氧诱导因子-2α 抑制剂 belzutifan 被批准用于 von Hippel-Lindau 病相关的肾细胞癌、CNS 血管母细胞瘤和胰腺神经内分泌肿瘤。在中位随访近 50 个月后，此处介绍了更新的结果。 方法 在这项单臂 2 期研究中，参与者在丹麦、法国、英国和美国的 11 个中心入组。口服 belzutifan 120 毫克，每天一次，适用于诊断为 von Hippel-Lindau 病（基于种系 VHL 改变）、至少一个可测量的肾细胞癌肿瘤、没有需要立即手术的大于 3 cm 的肿瘤、没有转移性疾病、既往没有全身抗癌治疗，并且东部肿瘤合作组体能状态评分为 0 或 1。主要终点是根据实体瘤反应评估标准 1.1 版对 von Hippel-Lindau 病相关肾细胞癌有客观反应的参与者比例，该标准由独立审查委员会确定，并在所有接受至少一剂 |
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评论： 背景 根据先前发表的 LITESPARK-004 研究的初步结果，缺氧诱导因子-2α 抑制剂 belzutifan 被批准用于 von Hippel-Lindau 病相关的肾细胞癌、CNS 血管母细胞瘤和胰腺神经内分泌肿瘤。在中位随访近 50 个月后，此处介绍了更新的结果。 方法 在这项单臂 2 期研究中，参与者在丹麦、法国、英国和美国的 11 个中心入组。口服 belzutifan 120 毫克，每天一次，适用于诊断为 von Hippel-Lindau 病（基于种系 VHL 改变）、至少一个可测量的肾细胞癌肿瘤、没有需要立即手术的大于 3 cm 的肿瘤、没有转移性疾病、既往没有全身抗癌治疗，并且东部肿瘤合作组体能状态评分为 0 或 1。主要终点是根据实体瘤反应评估标准 1.1 版对 von Hippel-Lindau 病相关肾细胞癌有客观反应的参与者比例，该标准由独立审查委员会确定，并在所有接受至少一剂 |
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重现Nature Microbiology图风:超精细配对箱线图绘制与优化
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原文链接：R语言数据分析指南
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Nat Commun | 打破传统局限！SIMVI深度学习框架精准分离空间组学数据中内在及空间诱导细胞状态
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主题合集 | 数据库介绍 | 更新至 80 个
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不想做生物机制只想做药怎么发文章？看看这篇靶向肿瘤的细菌-纳米药物生物杂交系统新型药物的研究如何开展的……
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原文链接：小张聊科研
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12+单细胞泛癌纯生信，识别某类细胞的某个表型做分析，思路新颖可重复，可重复！
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发表在14.3分1区（Advanced Science）的干湿结合文章，聚焦在成纤维细胞的衰老表型，值得学习收藏，可重复！
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如何挖掘生信热点，以最新发表在Nature上的Alzheimer disease 为例。
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2 个月拿下 6.5 分纯生信！聚焦耗竭 T 细胞 m6A 分析，挖掘某种细胞的某个表型/通路是生信高分捷径！
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