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2024年度“中国生物信息学十大进展”重磅揭晓！快来看看你的研究领域上榜了嘛！
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分类：#生信小白要知道 #Week132025
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空间组学 | 揭示小细胞肺癌肿瘤异质性和免疫群体生态位 | Cancer.Cell
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生信程序 | ImmuneLENS：从全基因组数据中估算T和B细胞比例、类别转换及克隆型多样性 | Nat.Genet
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太全面了！顶刊综述教你如何从 PPIs 角度研究癌症 | Nat.Rev.Cancer
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除了SPP1+Macro，还有其他亚型可分析吗？看看Cell杂志分析组织驻留FOLR2+巨噬细胞
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动态 ctDNA 为 NSCLC 的全程术后精确管理提供信息（LUNGCA 研究）。
评论：背景 循环肿瘤 DNA （ctDNA） 对于检测微小残留病 （MRD） 很有价值。然而，需要涉及长期血液采样的研究来全面解释 ctDNA 分析的临床应用。方法 我们进行了一项前瞻性多中心队列研究 （LUNGCA），用于对接受根治性手术的肺癌患者进行动态 ctDNA 监测。对术前血浆样本、术后 3 天和 1 个月进行 ctDNA 分析，然后每 3-6 个月进行一次，持续长达三年。结果 共纳入 233 例非小细胞肺癌 （NSCLC） 患者和 2336 例纵向血浆标本;中位随访时间为 51.4 个月。综合治疗后 （根治性手术后 + 必要的辅助治疗） MRD 状态比术后 MRD 状态更能预测复发 （阳性预测值： 100% vs 90.0%;阴性预测值： 90.3% vs 90.1%）。辅助前 ctDNA 阳性和肿瘤组织中靶向突变的患者在相应的辅助 TKI 治疗下无复发生存期 （RFS） 有所改善 风险比 |
原文链接：[xmolJournal
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评论：背景 循环肿瘤 DNA （ctDNA） 对于检测微小残留病 （MRD） 很有价值。然而，需要涉及长期血液采样的研究来全面解释 ctDNA 分析的临床应用。方法 我们进行了一项前瞻性多中心队列研究 （LUNGCA），用于对接受根治性手术的肺癌患者进行动态 ctDNA 监测。对术前血浆样本、术后 3 天和 1 个月进行 ctDNA 分析，然后每 3-6 个月进行一次，持续长达三年。结果 共纳入 233 例非小细胞肺癌 （NSCLC） 患者和 2336 例纵向血浆标本;中位随访时间为 51.4 个月。综合治疗后 （根治性手术后 + 必要的辅助治疗） MRD 状态比术后 MRD 状态更能预测复发 （阳性预测值： 100% vs 90.0%;阴性预测值： 90.3% vs 90.1%）。辅助前 ctDNA 阳性和肿瘤组织中靶向突变的患者在相应的辅助 TKI 治疗下无复发生存期 （RFS） 有所改善 风险比 |
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将浆细胞游离 DNA 片段末端基序和大小与基因组特征相结合，可实现肺癌检测。
评论：肺癌的早期发现对于提高患者生存率非常重要。使用游离 DNA （cfDNA） 全基因组测序的液体活检为肺癌筛查提供了一种有前途的途径，为当前的筛查方式提供了一种潜在的替代或补充方法。在这里，我们旨在通过整合 cfDNA 的片段和基因组特征来开发和验证一种方法，以提高不同人群的肺癌检测准确性。基于深度学习的分类器使用来自多机构研究参与者的综合 cfDNA 片段组学特征进行训练，包括韩国发现数据集（218 名肺癌患者和 2,559 名对照）、韩国验证数据集（111 名肺癌患者和 1,136 名对照）和独立的白人验证队列（50 名肺癌患者和 50 名对照）。在发现数据集中，使用按大小划分的片段末端基序的分类器（一种同时捕获片段末端基序和大小分布的特征）的性能优于独立的片段末端基序和片段大小分类器，实现了 0.917 的曲线下面积 （AUC）。按大小和基因组覆盖率整合片段末端基序的集成分类器实现了改进的性能，AUC |
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评论：肺癌的早期发现对于提高患者生存率非常重要。使用游离 DNA （cfDNA） 全基因组测序的液体活检为肺癌筛查提供了一种有前途的途径，为当前的筛查方式提供了一种潜在的替代或补充方法。在这里，我们旨在通过整合 cfDNA 的片段和基因组特征来开发和验证一种方法，以提高不同人群的肺癌检测准确性。基于深度学习的分类器使用来自多机构研究参与者的综合 cfDNA 片段组学特征进行训练，包括韩国发现数据集（218 名肺癌患者和 2,559 名对照）、韩国验证数据集（111 名肺癌患者和 1,136 名对照）和独立的白人验证队列（50 名肺癌患者和 50 名对照）。在发现数据集中，使用按大小划分的片段末端基序的分类器（一种同时捕获片段末端基序和大小分布的特征）的性能优于独立的片段末端基序和片段大小分类器，实现了 0.917 的曲线下面积 （AUC）。按大小和基因组覆盖率整合片段末端基序的集成分类器实现了改进的性能，AUC |
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CAR T 细胞的甜蜜成功
评论：糖酵解依赖性 T 细胞功能受到肿瘤微环境中葡萄糖缺乏的阻碍。现在在 Cancer Cell 中，Schild 等人对 T 细胞进行了改造，通过 GLUT5 利用果糖，增强它们的代谢活性和细胞毒性。 |
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评论：糖酵解依赖性 T 细胞功能受到肿瘤微环境中葡萄糖缺乏的阻碍。现在在 Cancer Cell 中，Schild 等人对 T 细胞进行了改造，通过 GLUT5 利用果糖，增强它们的代谢活性和细胞毒性。 |
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科研人也想“强制下班”？ 用GBD数据库分析啊！发文套路已成熟，西南医科大直接拿下7.9分，实验、加班什么的拜拜喽！
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