摘要 LB309： 使用 FFPE 样本对管腔 A 和三阴性乳腺癌进行差异 DNA 甲基化分析和功能分析
评论：背景：表观遗传修饰，如 DNA 甲基化，在乳腺癌异质性中起关键作用，影响肿瘤进展和治疗反应。本研究使用福尔马林固定、石蜡包埋 （FFPE） 样本调查了管腔 A （LumA） 和三阴性乳腺癌 （TNBC） 亚型之间的差异甲基化模式。通过基因本体论和通路分析获得功能见解，以了解亚型特异性表观遗传机制。方法：使用 Illumina Infinium EPIC 芯片对 LumA （n=3） 和 TNBC （n=5） 病例的 FFPE 样本进行全基因组甲基化分析。鉴定差异甲基化 CpG 位点，对注释到差异甲基化 CpG 位点的基因进行基因本体分析和通路富集分析，以确定驱动亚型差异的生物学过程和途径。结果： 在 937,690 个原始探针中，319,514 个探针至少在一个样品中失败并被排除在进一步分析之外，因此，保留了 618,176 个探针进行分析。在 LumA 和 TNBC 病例之间共鉴定出 28 |
原文链接：xmolJournal
分类：#xmolJournal #Week172025
评论：背景：表观遗传修饰，如 DNA 甲基化，在乳腺癌异质性中起关键作用，影响肿瘤进展和治疗反应。本研究使用福尔马林固定、石蜡包埋 （FFPE） 样本调查了管腔 A （LumA） 和三阴性乳腺癌 （TNBC） 亚型之间的差异甲基化模式。通过基因本体论和通路分析获得功能见解，以了解亚型特异性表观遗传机制。方法：使用 Illumina Infinium EPIC 芯片对 LumA （n=3） 和 TNBC （n=5） 病例的 FFPE 样本进行全基因组甲基化分析。鉴定差异甲基化 CpG 位点，对注释到差异甲基化 CpG 位点的基因进行基因本体分析和通路富集分析，以确定驱动亚型差异的生物学过程和途径。结果： 在 937,690 个原始探针中，319,514 个探针至少在一个样品中失败并被排除在进一步分析之外，因此，保留了 618,176 个探针进行分析。在 LumA 和 TNBC 病例之间共鉴定出 28 |
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